L’agriculture étant une compétence partagée entre l’Union européenne (UE) et les États membres, mais la réglementation bio est essentiellement issue de l’UE. Ainsi, le règlement de base est adopté par le Conseil européen et aussi, depuis 2009, par le Parlement européen et il s’impose aux États. Au niveau de ces derniers, peu de choses restent donc à définir en matière de cahier des charges (en France, le cahier national bio ne concerne plus, par exemple, que des dispositions relatives à des espèces animales sans règles détaillées dans le règlement européen, comme les autruches). La bonne mise en œuvre du règlement bio, compétence des États, est, en France, sous la tutelle de l’Institut National de l’Origine et de la Qualité (INAO). Pour ce faire, l’INAO tient à jour un guide de lecture permettant de préciser les modalités de la mise en pratique du cahier des charges de la bio. Or, le Conseil d’État et, en ultime recours, la Cour de Justice de l’Union européenne (CJUE) peuvent être saisis quand l’appréciation de l’INAO dans la mise en œuvre du règlement est remise en cause sur un point donné. Ainsi, cet article précise les rouages entre règlement européen, actes secondaires, arrêtés nationaux, guide et notes de lecture, jurisprudence et le rôle et les compétences de l’UE, des États membres, de l’INAO, du Conseil d’État ou encore de la CJUE en la matière.